У XIX ст., як і раніше, Лавра проводила значні будівельні та ремонтно-реставраційні роботи. У період реконструкції Печерської фортеці, в середині XIX ст., навколо Нижньої території Лаври було споруджено кам'яний фортечний мур.

Наприкінці ХІХ ст. за проектом архітектора В.Ніколаєва побудовано Трапезну палату і церкву. Під керівництвом архітектора О.Щусєва були розписані інтер'єри церкви і Трапезної палати.

Обитель виявляла турботу про здоров'я ченців та прочан. У 1849 р. на території монастиря була побудованалікарня на два поверхи, а також лікарня для прочан та мандрівників, яка щороку обслуговувала понад 500 хворих.

1873 року в Києві при Церковно-Археологічному товаристві було започатковано перший загальнодоступний музей міста - Церковно-Археологічний, унікальна колекція якого налічувала понад 30 тисяч експонатів. Метою його створення було визначено захист та зібрання церковних старожитностей, а також вивчення церковної історії. За своїми організаційними принципами музей був закладом цивільим, діяв на громадських засадах та існував на добровільні пожертви. Створення цього музею знайшло глибоке розуміння серед духівництва - від сільських пастирів до настоятелів монастирів та єпископату, багато з яких ревно сприяли поповненню колекції музею.

Питання про організацію музею на території Лаври поставало ще до подій 1917 року. Так, ризницяУспенського собору Києво-Печерської лаври здавна була своєрідним закритим музеєм, але не досяжним для пересічних громадян. У заснованій митрополитом Флавіаном на території Києво-Печерської лавриФлавіанівській бібліотеці, окрім колекції старовинних книг, були й інші експонати, що виставлялися в читальних залах. У 1918 р. архімандрит Климент, виконуючий обов'язки настоятеля Лаври, серед інших потреб обителі вважав за необхідне організацію власного монастирського Церковно-археологічного музею, який міг би сприяти більш надійному збереженню пам'яток лаврської історії і старовини. Для організації музею планувалося заснувати спеціальну комісію на чолі з відомим церковним істориком, дослідником Лаври протоієреєм Ф.І.Титовим.

Ідея Лаврського музею таки була втілена у життя, але постала у дещо інших формах.

Після жовтневих подій 1917 року для Києво-Печерської лаври почалися дуже важкі в її історії часи. Згідно декрету радянського уряду "Про відокремлення церкви від держави і школи від церкви" (23.01.1918 р.) усе майно церковних і релігійних товариств було проголошено надбанням народу. Почалися гоніння на церкву з боку держави та войовничих атеїстів. Духовні та матеріальні цінності Лаври опинилися під загрозою. Тільки за період з 1919 по 1922 рік у Лаврі було вилучено коштовностей на суму понад 164 657 крб. золотом.

На початку 20-х років завдяки ентузіазму кращих представників творчої інтелігенції на території Києво-Печерської лаври з'являється перший захисник православної святині. 26 травня 1922 р. на засіданні Київського комітету з охорони пам'яток мистецтва було прийнято постанову "Про організацію Музею культів і побуту". Організаторами його стали відомі українські вчені: Ф.М.Морозов, Ф.І.Шміт, Ф.Л.Ернст та інші. Створення на території Лаври музейного закладу дуже суттєво ускладнювало проведення в життя встановленого курсу на знищення обителі та її духовних і мистецьких цінностей.

Після довгих переговорів до "Музею культів і побуту" перейшла найцінніша частина колекції Церковно-Археологічного музею, над якою на той час нависла реальна загроза знищення. Велика кількість історичних цінностей, що зберігалися в ризниці, церквах та інших приміщеннях Києво-Печерської лаври, стала основою цього музею, першим директором якого був призначений губінспектор політпросвіти О.Вінницький. Експозицію розмістили в Будинку митрополита. 20 січня 1923 р. головний хранитель музею Ф.М.Морозов склав перші відомості про "Музей культів і побуту в Києво-Печерській лаврі". Цього року музей відвідали близько 1200 чоловік.

Діяльність Церковно-Археологічного музею та "Музею культів і побуту" є невід'ємною частиною передісторії Заповідника, їх єднає як спрямування на захист церковних старожитностей та вивчення церковної історії, так і те, що обидва вони були засновані завдяки діяльності кращих представників національної інтелігенції - церковної та світської.

На 1925 р. київський "Музей культів та побуту" став одним із провідних в Україні. Його фонди налічували 82 тисячі експонатів і складалися з восьми відділів: металу, станкового живопису, тканин та шитва, нумізматики, культів, історії Лаври, манускриптів та друкарства.

В роки "войовничого атеїзму" в Лаврі не було зруйновано жодної споруди. Навпаки - створено музейне містечко, відкрито ряд музеїв та виставок. І саме завдяки музею тисячі і тисячі пам'яток історії, мистецтва, культури дійшли до наших днів. Збереглися вони завдяки подвижництву музейних працівників, які попри всім режимам, лихоліттям, війнам намагалися врятувати і повернути з небуття ці духовні послання минулого.

З огляду на велику історико-культурну цінність монастирського архітектурного ансамблю, та предметів музейної колекції, 29 вересня 1926 р. ВУЦВК і Рада народних комісарів УРСР прийняли постанову "Про визнання колишньої Києво-Печерської лаври історико-культурним державним заповідником і перетворення її на Всеукраїнське музейне містечко". Згідно з постановою до складу заповідника увійшли: Музеї культів та побуту, нумізматики, староукраїнської будівельної техніки, українських древностей, І Всеукраїнська реставраційна майстерня, друкарня Всеукраїнської Академії наук, храми, фортечні мури, Ближні та Дальні печери, дзвіниці, архівний фонд Києво-Печерської лаври, бібліотеки.

Протягом другої половини 20-х - початку 30-х років музей набув заслуженої слави великого наукового осередку. "Оперативний план Лаврського Музею на 1925-1926 рр." є наочним доказом високого рівня музейної та наукової роботи у Заповіднику того часу та відсутності в його роботі будь-якої заполітизованості. Тут працювали визначні науковці того часу: К.Мощенко, М.Новицька, П.Попов, П.Потоцький, В.Шугаєвський, які видали ряд фундаментальних досліджень з історії, літератури, музейної справи, більшість з яких і сьогодні не втратили свого наукового значення. Співробітники Заповідника виїжджали в наукові експедиції у міста Росії та України, аж до Кавказу і Сибіру.

Культурно-освітня діяльність на терені Києво-Печерської лаври розгорталася паралельно з існуванням тут чернечої громади. Але на початку 1930 р. монастир був закритий, ченців виселили, релігійне життя припинилося. Того ж року було закрито Володимирський та Софійський собори, які стали філіями Заповідника.

Напередодні Другої Світової війни Заповідник перетворився на значний центр науково-освітньої роботи. Своїми видатними пам'ятками та музеями він щорічно приваблював сотні тисяч екскурсантів.

Діяльність працівників Заповідника була призупинена Другою Світовою війною та окупацією Києва у вересні 1941 р. Спершу німецька влада намагалася знайти підтримку церкви й населення. У 1942 р. на нижній території Києво-Печерського заповідника відновив свою діяльність монастир. Ініціатором його відродження став колишній архієпископ Херсонський і Таврійський Антоній (князь Давид Абашидзе), колишній чернець Києво-Печерської лаври.

З перших днів вторгнення в Україну окупанти почали грабувати й вивозити до Німеччини найцінніші музейні скарби, в тому числі з колекції Києво-Печерського заповідника. До окупації частину експонатів було евакуйовано у віддалені від фронту регіони Росії. Але значний відсоток музейних речей, які залишилися, був або вивезений до Німеччини, або втрачений під час війни. Фондові колекції Заповідника як єдине ціле фактично припинили своє існування.

3листопада 1941 р. було висаджено у повітря Успенський собор. Надзвичайної сили вибух викликав значний струс ґрунту, а відтак і руйнацію основних будівель навколо собору, а також появу тріщин у породі, фундаментах споруд та пошкодження дренажної системи.

У листопаді 1943 р., після звільнення міста, Києво-Печерський заповідник відновив свою діяльність. Почалася планомірна робота по відбудові й реставрації архітектурних пам'яток, історичних споруд, унікальних творів мистецтва. Поступово з Уралу, Німеччини почали повертатися експонати (загалом 3503 одиниці зберігання). Основне відтворення фондової колекції, її облік проведено у 1946-1949 роках. Окрім культового одягу, з Німеччини повернулося понад дві тисячі ікон, портретів. Через Держбанк України - понад 16 тисяч виробів з металу, колекція нумізматики. З бібліотеки Академії наук України було передано стародруки, гравюри. Крім того, під руїнами Успенського собору було знайдено понад п'ять тисяч виробів з коштовних металів та понад дві тисячі виробів з коштовних тканин.

Протягом 1960-1980-х років Заповідник провадив відновлювальні та ремонтно-реставраційні роботи. Були також розроблені заходи з благоустрою його території. Науково-дослідницьку діяльність було спрямовано на вивчення історії Лаври, її архітектурного ансамблю та фондових колекцій. У відреставрованих корпусах розташувалися постійні виставки.

У 1970-1990-х роках Інститутом археології АН України на території Заповідника та в печерах проводилисяархеологічні розкопки, до яких були залучені й музейні працівники. В районі Соборної площі були знайдені залишки давньоруської майстерні, де виробляли смальту для мозаїк Успенського собору, а також фундаменти першої монастирської трапезної. Охоронні розкопки в Ближніх печерах (1978-1979 рр.) були наймасштабнішими дослідженнями лаврських печер. Вчені відкрили невідомі ходи й різні приміщення, виявили велику кількість написів на стінах, фрагменти настінного живопису, а також різноманітний археологічний матеріал.

У червні 1988 р., у зв'язку із святкуванням 1000-річчя хрещення України-Русі, Рада Міністрів України прийняла постанову, згідно з якою новоствореній печерській релігійній громаді було передано територіюДальніх печер з усіма будівлями та печерним лабіринтом. А 1990 року до неї було приєднано і територію Ближніх печер. Цими актами було започатковано відродження монастиря Української Православної Церкви, з керівництвом якої нині налагоджена плідна творча співпраця: відкрито ряд сумісних благодійних виставок, проводяться спільні щорічні наукові конференції Могилянські читання, об'єднаними зусиллями здійснено випуск кількох видань.

Києво-Печерська лавра – це видатний пам'ятник не тільки слов'янської, але й загальносвітової культури. Приймаючи до уваги винятковість архітектурного ансамблю, роль Лаври в розвитку вітчизняної і світової культури, науки й освіти, 14 сесія міжнародного комітету ЮНЕСКО у 1990 р. внесла Києво-Печерську лавру в "Список Всесвітньої Культурної Спадщини ЮНЕСКО".

Історико-культурний заповідник, створений у 1926 р., забезпечив охорону і реставрацію національних художніх цінностей, архітектурного комплексу Києво-Печерської лаври. Він є унікальним і одним з найбільших музейних комплексов Східної Європи. Указом Президента України від 13 березня 1996 р., з огляду на значення Заповідника як унікальної культурної і наукової установи, йому надано статус Національного.

Сьогодні Національний Києво-Печерський історико-культурний Заповідник – найбільший музейний комплекс України, де зосереджено 144 пам'ятки нерухомої культурної спадщини. Серед них – 2 унікальних підземних комплекси, храми, пам'ятки архітектури XI-XIX ст., виставкові приміщення.

Продовжуючи просвітницькі традиції Лаври колектив Заповідника займається науково-дослідницькою, експозиційною, науково-просвітницькою діяльністю. Останнім часом створено ряд нових виставок, постійно діє лекторій, видаються книги і каталоги виставок, щорічно в Заповіднику збираються науковці як з України, так і з-за кордону на науково-практичну конференцію "Могилянські читання".

Заповідник є величезним туристичним центром, який щорічно відвідує сотні тисяч відвідувачів з різних країн світу.

На постійно діючих і періодичних виставках експонуються чудові вироби з дорогоцінних металів, культове гаптування, багата колекція ікон. Експозиції поновлюються завдяки фондовій збірці музею, що налічує понад 70 тисяч експонатів. Регулярно ведеться інформування широких кіл громадськості про діяльність музею засобами мас-медіа, виходять у світ видання, збірники наукових праць "Лаврський альманах" та "Могилянські читання". Діє розгалужена система музейного сервісу.

Згідно з Указом Президента України від 9 листопада 1995 р. до 2000-річчя Різдва Христового буввідтворений Успенський собор. У серпні 2000 р. відбулося його освячення.

Основними напрямками діяльності Національного Києво-Печерського заповідника є збереження, популяризація і експонування культурної спадщини. Вони спрямовані на охорону і передачу надбань минулого наступним поколінням.

Ансамбль Києво-Печерської лаври – це своєрідний музей форм і стилів, у якому репрезентовано кращі зразки національної архітектури. Кожна споруда має своє обличчя, свій художній образ. Внаслідок праці талановитих архітекторів та будівельників виник один з найвидатніших монастирських комплексів – Києво-Печерська лавра. Більше ніж 950 років її історія нерозривно пов'язана з історією, життям і культурою українського народу.