У Дальніх печерах спочивають мощи 49 канонізованих святих. Про більшість з них відомостей дуже мало, іноді відомі тільки імена, що були написані на дошках, якими закривали поховальні локули.

Мощі деяких преподобних у різні часи були перенесені до Ближніх печер та іншіх місць. Так у 1730 р. до Успенського собору були перенесені мощі першого київського митрополита Михаїла, мощі прп. Евфросинії Полоцької, що спочивали 737 років у Дальніх печерах, у 1910 р. були перенесені до Полоцька.

У 1992 р. з Хрестовоздвиженської церкви до підземної Благовіщенської перенесені мощі священномученика Володимира (Богоявленського), митрополита Київського і Галицького, а у 1999 р. з Успенського собору – мощі митрополита Тобольського та Сибірського Павла (Конюскевича).