Одного з засновників Києво-Печерського монастиря преподобного Феодосія було поховано у 1074 р. у його келії в Дальніх печерах, які по імені святого називають також Феодосієвими. Мощі преподобного були віднайдені у 1091 р. і урочисто перенесені до Успенського собору. У 1240 р., коли війська хана Батия захопили Київ, мощі славетного ігумена, щоб уникнути опоганення, були заховані. Місце приховання трималося в таємниці і згодом забулося. Є припущення, що вони поховані або під спудом Успенського собору, або у Дальніх печерах.

Дальні печери були засновані як цілком окремий комплекс. Вивчення їхньої історії ускладнюється тим, що в них не провадились планомірні археологічні дослідження.

На думку дослідників, найдавнішою частиною комплексу Дальніх печер слід вважати Варязьку печеру, оскільки саме з нею пов'язується виникнення самої обителі.

Під час розкопок 1988 р. було відкрито келію прп.Феодосія – одного із засновників Печерського монастиря, яка була викопана ним не пізніше 1058 р. Склепіння цього приміщення – в ідеальному стані. Біля келії преподобного розташовано найбільшу печерну споруду – Феодосіївську церкву. Напроти церкви знаходиться інша, де в скляних і металевих сосудах зберігаються мироточиві глави.

В даний час у Дальніх печерах знаходяться три підземні церкви: Благовіщення Пресвятої Богородиці, Різдва Христового та преподобного Феодосія. Первісно підземні церкви були набагато менші за розмірами і значно скромніше оздоблені. Та вже в першій половині ХVІІ ст. підземні церкви Дальніх печер було розширено до сучасних розмірів. Тоді їхні плани набули асиметричної форми. Підлогу цих церков вимощено у 1826 р. прямокутними чавунними плитами, деякі з яких вкриті нескладним орнаментом.

Перші заходи щодо реконструкції Дальніх печер, як і Ближніх, провадилися ще за Петра Могили.

У Дальніх печерах почивають мощі 49 канонізованих святих.

Нині загальна довжина підземних коридорів Дальніх печер становить 293 м., Варязьких – 200 м.