В интерьере храма особое внимание привлекает позолоченный деревянный трехъярусный иконостас, выполненный в 1734 г. лаврскими сницарями в стиле украинского барокко. Он изготовлен из липы в технике "сквозной резьбы". Мастера – творцы резного "фона" иконостаса – украсили его беспрерывным плетением кружева, резными насквозь рамами, утонченными колонками, карнизами, картушами, пьедесталом сантаблементом и перекинутой над царскими вратами "триумфальной" аркой с надписью "Сии врата Господни. Праведные внидут в них". Щедрая позолота иконостаса в значительной мере дополняют художественное убранство храма. Образы иконостаса соответствуют требованиям, которые ставила перед живописцами Киево-Печерская лавра: чтобы лики святых отображали глубокую мудрость, вдохновение, неземной покой, углубленное созерцание таинственного будущего, что и было воплощено художниками малярни Никольського Больничного монастыря Федором (Феоктистом) Павловским, Яковом (Алимпием) Галиком, Афанасием (Адрианом) Улазовским и другими в 30-гг. ХVІІІ в.

Интерьер церкви дополняет 16-ти свечное паникадило, отлитое в 1724 г. Его вес составляет 664 кг. Вдоль западной стены храма – ряд деревянных скамей, изготовленных в 30-х гг. ХVІІІ в., спинки которых украшены живописными пейзажами. Эти стасидии (или скамьи) предназначались для престарелых и больных монаховНикольского Больничного монастыря. Пол устлан фигурными чугунными плитами, отлитыми на Брянских заводах Демидова в 1732 г.