За свою многовековую историю храм неоднократно подвергался разрушениям как вследствие естественных катаклизмов, так и военных действий. Но каждый раз он возрождался, существенно изменяя свой архитектурный образ. Первое серьезное повреждение собора зафиксировано в 1096 г., когда к Киеву подошли печенеги. В 1230 г. храм пострадал от землетрясения, но вскоре был отстроен. В 1240 г., в годы татаро-монгольского нашествия, церковь снова пострадала. Захватчики разрушили крепостные стены вокругмонастыря, а собор ограбили – забрали украшения, церковную утварь, сняли крест, разрушили иконостас.Купол и своды храма обвалились. Сохранилась только часть алтарных мозаик. Церковь Иоанна Предтечи не пострадала. И только в 1470 г. на средства киевского князя Симеона Олельковича храм был полностью восстановлен.

Значительные работы по украшению интерьера храма были выполнены в XVI ст. В этот период к северо-восточной и южной частям храма были пристроены три часовни: Стефана, Иоанна Богослова, Трех святителей.

В апреле 1718 г. в доме наместника Лавры возник большой пожар. Он уничтожил почти все деревянные здания верхней территории монастыря. Среди немногих каменных сооружений больше всего пострадал Успенский собор. От него остались только стены и свод.

После восстановления Успенского собора в 1729 г. его архитектура оставалась без изменений до 1941 г. Во время оккупации Киева 3 ноября 1941 г. Успенский собор был взорван. Длительное время на месте величественного храма стояли руины. Разрушение собора нанесло непоправимый ущерб не только архитектурному ансамблю Заповедника, но и историческому имиджу Киева. Согласно Указу Президента Украины от 9 ноября 1995 года Успенский собор был восстановлен в 1999-2000 годах.